Identification par caractérisation complète

Une combinaison d’analyses, notamment le séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et le séquençage ciblant un gène secondaire (s’il y a lieu), l’analyse d’acides gras cellulaires (AGC), les tests phénotypiques classiques, l’épreuve de sensibilité aux antimicrobiens et d’autres tests sont utilisés pour la caractérisation complète des isolats.

Cultures pures d’un isolat associé à une maladie clinique ou d’un isolat provenant d’échantillons du milieu prélevés en raison d’une maladie clinique chez l’humain.

Conserver les échantillons à la température ambiante jusqu’au moment de leur expédition à des fins d’analyse. Expédier à la température ambiante.

Les géloses en pente ou boîtes de gélose de tout milieu convenable et les écouvillons dans un milieu de transport sont tous acceptés. Les échantillons envoyés à des fins d’isolement ou d’identification d’anaérobies stricts doivent être exempts d’oxygène. Utiliser un milieu de transport préréduit stérilisé de façon anaérobie (PRAS), un milieu de transport Cary-Blair ou un bouillon de cuisson de viande PRAS.

Conserver les échantillons à la température ambiante jusqu’au moment de leur expédition à des fins d’analyse. Expédier à la température ambiante.

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Maladie clinique avec symptômes évoquant une infection bactérienne.

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie, comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

 

Toutes les données relatives aux antécédents du patient et à l’historique de la souche doivent être fournies. Les bactéries entériques, les mycobactéries, les agents nosocomiaux courants (SARM, ERV), les Neisseria, les eucaryotes et les bactéries appartenant au groupe de risque 3 ne sont PAS acceptés par le laboratoire pour les cas spéciaux de bactériologie. Consulter le Guide des services pour connaître les services d’analyse offerts par le LNM et pour savoir quels formulaires utiliser pour les demandes d’analyses de laboratoire.

Les résultats du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S, du séquençage ciblant un gène secondaire (s’il y a lieu) et des analyses d’acides gras cellulaires sont jumelés à ceux des tests phénotypiques et de toute autre analyse pertinente afin d’identifier la bactérie.

50 jours civils. Par ailleurs, si le personnel ou les ressources sont limités ou s’il s’agit de microorganismes à croissance lente ou à faible croissance, la production du rapport final peut être retardée et le statut de la demande transmis dans un rapport préliminaire. Le rapport final est envoyé lorsque tous les résultats ont été obtenus.

 

1. Bernard, K. A., M. Bellefeuille, and E. P. Ewan. 1991. 01. Cellular fatty acid composition as an adjunct to the identification of asporogenous, aerobic gram-positive rods. J. Clin. Microbiol. 29:83-89
2. Kolbert CP, Rys PN, Hopkins M, Lynch DT, Germer JJ, O’Sullivan CE, et al. 16S ribosomal DNA sequence analysis for identification of bacteria in a clinical microbiology laboratory. In: Persing DH, Tenover FD, Versalovic J, Tang Y-W, Unger ER, Relman DA, White TJ, eds. Molecular microbiology: diagnostic principles and practice. Washington, DC: ASM Press 2004.p361–77.
3. MacFaddin, J. F. 2000. Biochemical tests for identification of medical bacteria. Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, Pa.
4. Weyant et al. 1996. Identification of unusual pathogenic Gram negative aerobic and facultative anaerobic bacteria. 2^nd Edition. Williams & Wilkins, MD.