Séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S

PCR du gène codant pour l’ARNr 16S, séquençage et analyse phylogénétique. Le séquençage ciblant un gène secondaire et l’analyse phylogénétique sont utilisés de façon complémentaire au séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S. Le choix du gène secondaire à cibler dépend des résultats du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S.

Cultures pures d’isolats associés à une maladie clinique ou d’isolats provenant de l’environnement.

Conserver et expédier les échantillons à la température ambiante.

Les géloses en pente ou boîtes de gélose de tout milieu convenable et les écouvillons dans un milieu de transport sont tous acceptés. Les échantillons envoyés à des fins d’isolement ou d’identification de bactéries anaérobies strictes doivent être exempts d’oxygène. Utiliser un milieu de transport préréduit stérilisé de façon anaérobie (PRAS), un milieu de transport Cary-Blair ou un bouillon à la viande cuite PRAS.

Conserver et expédier les échantillons à la température ambiante.

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Maladie clinique avec symptômes évoquant une infection bactérienne.

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie, comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

Les antécédents du patient et l’historique de la souche doivent être fournis. Les bactéries entériques, les mycobactéries, les agents nosocomiaux courants (SARM, ERV), les bactéries du genre Neisseria, les eucaryotes et les bactéries appartenant au groupe de risque 3 ne sont PAS acceptés par l’unité de bactériologie spéciale. Consulter le Guide des services pour connaître les services d’analyse offerts par le LNM.

Les résultats du séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et du séquençage ciblant un gène secondaire (s’il y a lieu) sont comparés à ceux des bases de données publiques (GenBank) et aux souches types connues. Lorsque des sous-espèces existent, certains tests phénotypiques classiques peuvent être effectués, et ce, à la discrétion de l’unité de bactériologie spéciale.

Délai de 12 jours civils pour produire le rapport final de séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S et/ou du gène secondaire. La production du rapport peut être retardée si des analyses phénotypiques s’imposent. Par ailleurs, si le personnel ou les ressources sont limités ou s’il s’agit de microorganismes à croissance lente ou faible, la production du rapport final peut être retardée et le statut de la demande sera transmis dans un rapport préliminaire. Le rapport final est envoyé lorsque tous les résultats ont été obtenus.

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