Détection moléculaire par PCR

Détection de Mycoplasma pneumoniae par PCR.

Lavage bronchoalvéolaire ou biopsie pulmonaire. Il nous est également possible d'analyser des échantillons d'aspirats nasopharyngés, d'expectorations et de liquide céphalorachidien, mais ce type d'échantillon n'est pas idéal pour l'analyse. Les écouvillons secs ne sont pas acceptés pour l'analyse; les écouvillons doivent toujours être envoyés dans le milieu de conservation approprié. Fournir au moins 1 ml d'échantillon liquide. Tous les échantillons devraient, de préférence, être envoyés dans des tubes à bouchon vissé faits de plastique résistant aux chocs et à la congélation-décongélation.

Le laboratoire expéditeur n'a aucun traitement supplémentaire à effectuer lorsque les échantillons sont prélevés selon les directives énoncées ci-dessus. Tous les échantillons devraient être conservés à une température de réfrigération (2 °C à 8 °C) ou congelés immédiatement après le prélèvement. Veiller à ce que les échantillons soient maintenus à la bonne température durant leur expédition au LNM (p. ex. les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants).

Suivre les méthodes d'échantillonnage aseptique normalisées au moment du prélèvement des échantillons et veiller à ce que le matériel clinique soit placé dans le milieu de conservation approprié.

Le laboratoire expéditeur n'a aucun traitement supplémentaire à effectuer lorsque les échantillons sont prélevés selon les directives énoncées ci-dessus. Tous les échantillons devraient être conservés à une température de réfrigération (2 °C à 8 °C) ou congelés immédiatement après le prélèvement. Veiller à ce que les échantillons soient maintenus à la bonne température durant leur expédition au LNM (p. ex. les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants).

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Les caractéristiques cliniques de l'infection respiratoire à M. pneumoniae comprennent souvent une amygdalite, une rhinite, une bronchiolite ou une pneumonie atypique, mais des symptômes associés à d'autres systèmes peuvent être observés (neurologiques, rénaux, dermatologiques, ophtalmologiques, musculosquelettiques, hématologiques, cardiovasculaires et gastrointestinaux).

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie, comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

 

Si le résultat d'une analyse effectuée par le laboratoire expéditeur est positif pour M. pneumoniae, il serait utile de l'indiquer dans les documents d'accompagnement, en précisant le type d'analyse.

L'ADN de tous les échantillons de M. pneumoniae reçus au LNM à des fins d'analyse par PCR est d'abord extrait à l'aide d'une trousse disponible sur le marché. Les réactions par PCR effectuées sont les suivantes :

1) une PCR visant à détecter le gène codant pour la b-globine humaine dans le but d'analyser la qualité et l'intégrité de l'ADN;

2) une PCR visant à détecter le gène codant pour l'ARNr 16S du genre Mycoplasma;

3) une PCR spécifique pour M. pneumoniae

Un échantillon est considéré positif pour M. pneumoniae si le résultat de la PCR spécifique à M. pneumoniae s'avère positif. Si un échantillon s'avère négatif avec une analyse par PCR pour M. pneumoniae, mais positif avec une PCR pour l'ARN 16S de Mycoplasma, le produit sera séquencé, à la demande de l'expéditeur, afin de confirmer de quelle espèce il s'agit.

12 jours civils. Il est important de noter que lorsqu'un grand nombre d'échantillons est reçu ou lorsque des tests doivent être répétés, le délai d'exécution peut être plus long.

1. Sanchez-Vargas, FM and Gómez-Duarte OG. 2008. Mycoplasma pneumoniae-an emerging extra-pulmonary pathogen. Clin Microbiol Infect. Feb;14(2):105-17
2. Lingappa JR, Lawrence W, West-Keefe S, Gautom R, and Cookson BT. 2002. Diagnosis of community-acquired pertussis infection: comparison of both culture and fluorescent-antibody assays with PCR detection using electrophoresis or dot blot hybridization. J. Clin. Microbiol. 40(8):2908-12.
3. van Kuppeveld FJ, van der Logt JT, Angulo, AF, van Zoest MJ, Quint WG, Niesters HG, Galama JM, Melchers WJ. 1992. Genus- and species-specific identification of mycoplasmas by 16S rRNA amplification. Appl. Env. Microbiol. 58(8): 2606 – 2615.
4. Bernet C, Garret M, de Barbeyrac B, Bebear C, and Bonnet J. 1989. Detection of Mycoplasma pneumoniae by using the polymerase chain reaction. J. Clin. Microbiol. 27(11): 2492 – 2496.