Séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S dans du matériel clinique

Analyse partielle du gène codant pour l’ARNr 16S par PCR et par séquençage dans du matériel clinique provenant de sites normalement stériles.

Matériel clinique provenant de sites normalement stériles de l’organisme, notamment le liquide céphalorachidien (LCR), les aspirats, les biopsies et les tissus. S’assurer de fournir au moins 0,5 ml d’échantillon liquide pour l’analyse. Il est préférable d’expédier tous les échantillons dans des tubes à bouchon vissé faits de plastique résistant aux chocs et à la congélation-décongélation. En cas d’incertitude quant au type d’échantillon, communiquer avec le laboratoire par téléphone ou par courriel.

Le laboratoire expéditeur n’a aucun traitement supplémentaire à effectuer lorsque les échantillons sont prélevés selon les directives énoncées ci-dessus. Tous les échantillons devraient être conservés à une température de réfrigération (2 °C à 8 °C) ou congelés immédiatement après le prélèvement. Veiller à ce que les échantillons soient maintenus à la bonne température durant leur expédition au LNM (p. ex. les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants).

Suivre les méthodes d’échantillonnage aseptique normalisées au moment du prélèvement des échantillons et veiller à ce que le matériel clinique soit placé dans le milieu de conservation approprié.

Le laboratoire expéditeur n’a aucun traitement supplémentaire à effectuer lorsque les échantillons sont prélevés selon les directives énoncées ci-dessus. Tous les échantillons devraient être conservés à une température de réfrigération (2 °C à 8 °C) ou congelés immédiatement après le prélèvement. Veiller à ce que les échantillons soient maintenus à la bonne température durant leur expédition au LNM (p. ex. les échantillons congelés doivent être expédiés sur de la glace sèche et les échantillons réfrigérés sur des blocs réfrigérants).

Maladie clinique avec symptômes évoquant une infection bactérienne ou agents ne pouvant être mis en culture.

Requête d’analyse de bactériologie spéciale dûment remplie, comprenant les renseignements sur le patient et l’information clinique pertinente. Si possible, joindre les résultats des tests de laboratoire effectués par le laboratoire local et/ou provincial.

Si le résultat de toute analyse effectuée par le laboratoire expéditeur est positif, il serait utile de l’indiquer dans les documents d’accompagnement, en précisant le type d’analyse. Par ailleurs, si des bactéries ont été observées dans une coloration de Gram, il faudrait également le préciser.  

L’analyse partielle du gène codant pour l’ARNr 16S par PCR est effectuée à l’aide des amorces universelles pour les 500 premières paires de bases du gène. Le produit de PCR est séquencé et les résultats sont comparés aux bases de données publiques (GenBank). Une PCR visant à détecter le gène codant pour la b-globine humaine est également réalisée dans le but d’analyser la qualité et l’intégrité de l’ADN; le résultat obtenu doit être positif. Il convient de souligner que la détection du gène codant pour l’ARNr 16S n’est possible que si le microorganisme se trouve à des concentrations détectables dans l’échantillon prélevé. De plus, un résultat de PCR négatif n’exclut pas la possibilité que le microorganisme visé soit présent dans l’échantillon.

12 jours civils. Il est important de noter que lorsqu’un grand nombre d’échantillons est reçu ou lorsque des tests doivent être répétés, le délai d’exécution peut être plus long.

1. Kolbert CP, Rys PN, Hopkins M, Lynch DT, Germer JJ, O’Sullivan CE, et al. 16S ribosomal DNA sequence analysis for identification of bacteria in a clinical microbiology laboratory. In: Persing DH, Tenover FD, Versalovic J, Tang Y-W, Unger ER, Relman DA, White TJ, eds. Molecular microbiology: diagnostic principles and practice. Washington, DC: ASM Press 2004. pg 361–77.
2. Clinical and Laboratory Standards Institute. Interpretive criteria for identification of bacteria and fungi by DNA target sequencing. 2008. MM18-A, Volume 28, Number 12.