Détection moléculaire et génotypage

Détection moléculaire du virus de la rubéole par RT-PCR en temps réel et génotypage des échantillons positifs.

Écouvillonnage nasopharyngé, écouvillonnage de gorge, urine. Tous les échantillons doivent être prélevés le plus tôt possible après le début de l’éruption cutanée (dans les 5 jours). Remarque : Les échantillons prélevés plus tard seront acceptés, mais la sensibilité du test ne sera pas optimale. Pour les cas d’IRC/SRC, prélever de l’urine et des écouvillons nasopharyngés ou de gorge dans les premiers mois suivant la naissance. Des isolats viraux peuvent aussi être expédiés. D’autres types d’échantillons peuvent être acceptés à des fins de recherche. Cependant, veuillez contacter le Laboratoire des exanthèmes viraux avant de les soumettre.

Traitement de l’urine par centrifuge à 2500 tours/min pendant 15 minutes à 4 °C. Remettre en suspension le sédiment dans 1-2 mL de milieu de transport viral. Pour les petits volumes d’urine (cas d’IRC/SRC), remettre le sédiment en suspension dans au moins 0,5 mL de MTV. Pour les écouvillons, enlever l’écouvillon. Conserver tous les échantillons à 4 °C et les expédier sur de la glace humide de façon qu’ils arrivent au LNM dans les 48 heures suivantes. Sinon, les congeler à -70 °C et les expédier congelés sur de la glace sèche. Les isolats viraux doivent être expédiés congelés (-70 °C) sur de la glace sèche.

Prélever 50 mL (minimum 10 mL) d’urine dans un contenant stérile. Pour les écouvillonnages, utiliser des écouvillons stériles approuvés pour l’isolement des virus pour le prélèvement des cellules épithéliales de la gorge ou des voies nasales. Placer les écouvillons dans 2-3 mL de milieu de transport viral (MTV) pendant au moins 1 heure. Pour l’isolat viral, prélever les cellules infectées et le milieu, et soumettre au moins 1,0 mL.

Traitement de l’urine par centrifuge à 2500 tours/min pendant 15 minutes à 4 °C. Remettre en suspension le sédiment dans 1-2 mL de milieu de transport viral. Pour les petits volumes d’urine (cas d’IRC/SRC), remettre le sédiment en suspension dans au moins 0,5 mL de MTV. Pour les écouvillons, enlever l’écouvillon. Conserver tous les échantillons à 4 °C et les expédier sur de la glace humide de façon qu’ils arrivent au LNM dans les 48 heures suivantes. Sinon, les congeler à -70 °C et les expédier congelés sur de la glace sèche. Les isolats viraux doivent être expédiés congelés (-70 °C) sur de la glace sèche.

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

1. Présomption d’infection de rubéole (habituellement avec fièvre, éruption et au moins une des manifestations suivantes : arthralgie/ arthrite, lymphadénopathie ou conjonctivite) ou confirmation sérologique en laboratoire en l’absence de vaccination récente (1-14 jours) contre la rubéole. 2. Présomption d’infection de rubéole congénitale (IRC) / Syndrome de rubéole congénitale (SRC).

Requête d’analyse pour la rougeole, les oreillons et la rubéole complétée. Indiquer la date de l’apparition de l’éruption cutanée, la date du début de la fièvre, le nombre de doses de vaccin contre la rubéole reçues, la date de la dernière vaccination contre la rubéole, les antécédents de voyage et la date de l’exposition à la rubéole, s’il y a lieu.

Les laboratoires qui effectuent leurs propres analyses RT-PCR rougeole devraient soumettre les échantillons positifs pour fins de surveillance du génotypage (qui comprend la déclaration à l’Organisation mondiale de la Santé). Il est important de fournir les antécédents complets du patient (y compris les voyages) pour une surveillance génotypique adéquate. Le LNM est un laboratoire de référence régional agréé de l’OMS/OPS pour la rougeole et la rubéole.

L’ARN extrait des échantillons est analysé par RT-PCR en temps réel pour le gène E1 et analysée par analyse de la courbe de fusion. Une température de demi-dénaturation située à l’intérieur d’un intervalle prédéterminé est un résultat positif par RT-PCR et une confirmation en laboratoire du virus de la rubéole. Une partie du gène E1 des échantillons positifs est amplifiée par RT-PCR classique et une région normalisée par l’OMS est séquencée en vue de la détermination du génotype du virus de la rubéole.

Détection moléculaire: 7 jours civils. Génotypage: 21 jours civils. Des analyses STAT seront effectuées sur demande.

1. WHO. Standardization of the nomenclature for genetic characteristics of wild-type rubella viruses. WER 2005;14:126-132. 2. Tipples G, J Hiebert. Detection of measles, mumps and rubella viruses. Methods Mol Biol. 2011; 665: 183-193. 3. World Health Organization. Manual for the laboratory diagnosis of measles and rubella virus infection. 2007. WHO/IVB/07.01