Détection et caractérisation moléculaire

Isolement et caractérisation moléculaire des virus par RT-PCR en temps réel et RT-PCR et séquençage.

 

• Isolat viral/culture - = 0,5 mL de cellules infectées et de milieu.
• LCR - Non recommandé, car les poliovirus sont rarement isolés dans une culture de LCR.
• Selles -  = 1,0 g (solides) ou = 0,5 mL (liquides).  Échantillon privilégié, car le virus y est présent plus longtemps que dans les autres types d’échantillons.
• Échantillon rectal - Non recommandé, car la petite quantité de selles obtenue est insuffisante pour l’analyse.
• Sérum/plasma - Non recommandé, car la probabilité d’obtenir le virus avec ce type d’échantillon est faible.
• Prélèvement de gorge - Non recommandé, car la probabilité d’obtenir des virus en culture est plus faible avec les écouvillons de gorge qu’avec les selles.

Congeler les échantillons à = -20 °C jusqu’à leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons congelés sur glace sèche. Emballer les échantillons de Poliovirus présumé dans un contenant d’expédition séparé des autres échantillons envoyés au LNM.

 

• Isolat viral/culture - Prélever dans un contenant stérile étanche.
• Selles - Prélever dans les 14 jours suivant le début de la maladie et déposer dans un contenant stérile étanche, pas de milieu spécial requis. Les
  taux d’isolement augmentent lorsqu’on reçoit deux échantillons prélevés à 24 heures d’intervalle.

Congeler les échantillons à = -20 °C jusqu’à leur envoi pour analyse. Expédier les échantillons congelés sur glace sèche. Emballer les échantillons de Poliovirus présumé dans un contenant d’expédition séparé des autres échantillons envoyés au LNM.

 

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Cas de paralysie flasque aiguë chez les enfants de moins de 15 ans et cas suspects de poliomyélite chez les patients de tout âge.

 

Remplir le formulaire de requête pour les entérovirus et les virus entériques. Si possible, inclure toute observation clinique pertinente, les antécédents de voyage et de vaccination et tout résultat pertinent d’analyses de laboratoire effectuées au laboratoire local ou provincial.

 

S/O

Le délai d’exécution total est de 28 jours civils. Chaque élément de l’algorithme d’essai a son propre délai d’exécution :       

• Le délai pour l’isolement des poliovirus est de 14 jours civils à partir de la date où les échantillons de selles sont reçus au laboratoire.

• Le délai pour la DIT des poliovirus et la RT-PCR en temps réel pour les PVDV est de 7 jours civils à partir de la date de fin de l’isolement.

• Le délai pour le séquençage de la région VP1 des poliovirus est de 7 jours civils à partir de la date où les résultats de la RT-PCR en temps réel sont connus.

1. World Health Organization. Polio Laboratory Manual. WHO/IVD/04.10,2004.
2. S1. Supplement to the WHO Polio Laboratory manual-an Alternative Test Algorithm for Poliovirus Isolation and Detection.
3. Kilpatick DR, Iber JC, Chen Q, Ching K, Yang S, De L, Mandelbaum MD, Emery B, Campagnoli R, Burns CC, Kew O. Poliovirus serotype-specific VP1 sequencing primers. J of Virol. Methods 174(2011) 128-130