Génotypage par la méthode des unités répétitives dispersées sur le génome mycobactérien – nombre variable de répétitions en tandem (MIRU-VNTR)
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Détails de la référence
PCR/génotypage moléculaire d'isolats du CMTB, basé sur l'analyse dunombre variable de répétitions en tandem pour déterminer le lien génétique entre les souches.
- Tuberculose (TB)
La croissance sur milieu solide ou sous forme liquide
• Pour la croissance sur milieu solide, on préfère les colonies isolées sur milieu en boîte de Pétri. La croissance du complexe Mycobacterium tuberculosis doit être visible et ne doit pas dépasser l'âge de 4 semaines.
• Pour les cultures sous forme liquide, un volume minimum de 4 mL de culture en croissance active est souhaitable.
• Les cultures ayant une croissance inadéquate, ou qui faisant l'objet d'une contamination, ne seront pas traitées et une nouvelle culture sera demandée.
Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.
S/O
Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.
Néant
Les réquisitions doivent être transmises par télécopieur ((204) 789-2036) à l'attention de Joyce Wolfe, Gestionnaire du programme, CNRM/LNM, avant de procéder à l'expédition des isolats au CNRM. La réquisition du CNRM doit être complétée, signée par le superviseur/ou la personne désignée du laboratoire expéditeur et inclure l'origine du spécimen, le sexe et la date de naissance du patient, l'histoire clinique et l'informations sur l'identifiant du laboratoire et la personne-ressource (requérant). Mentionner également les caractéristiques des isolats, y compris les résultats de microscopie et le taux de croissance, au besoin. Les demandes d'analyse urgente doit être accompagnée d'une justification.
Les cultures seront rejetées si les documents nécessaires sont incomplets ou manquants.
Le profil MIRU-VNTR sera déterminé selon les lignes directrices techniques présentées dans le guide « Multilocus Variable Number Tandem Repeat Genotyping of Mycobacterium tuberculosis Technical Guide ». Les profils MIRU-VNTR à 24 loci seront accompagnés d'un dendrogramme comprenant d'autres souches étroitement apparentées de la province à l'origine de la demande.
Demandes urgentes/stat : 7 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon. Tests courants avec mise en culture : 30 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon. Envoi de cultures souches : 44 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.
1. Technical guidelines can be accessed in the Multilocus Variable Number Tandem Repeat Genotyping of Mycobacterium tuberculosis Technical Guide available at the following website: http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/files/MIRU-VNTRtypingmanualv6.pdf
2. Supply P, Lesjean S, Savine E, Kremer K, van Soolingen D, and Locht C. (2001). Automated high-throughput genotyping for study of global epidemiology of Mycobacterium tuberculosis based on mycobacterial interspersed repetitive units. J. Clin. Microbiol. 39:3563-3571.
3. Blackwood KS, Wolfe JN, Kabani AM. (2004) Application of mycobacterial interspersed repetitive unit typing to Manitoba tuberculosis cases: can restriction fragment length polymorphism be forgotten? J Clin Microbiol. 42:5001-6.
4. de Beer J, Kremer K, Kodmon C, Supply P, van Soolingen. (2011). First Worldwide Proficiency study on Variable-Number Tandem Repeat Typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains. J Clin Microbiol. 50: 662-669.
5. Christianson S, Wolfe J, Orr P, Karlowsky J, Levett PN, Horsman GB, Thibert L, Tang P, Sharma MK. Evaluation of 24 locus MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Canada. 2010. Tuberculosis 90:31-38