Identification des espèces de Mycobacterium à l’aide de techniques moléculaires

L'identification des espèces du Mycobacterium spp d'après le «LPSN» (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, auteur: J.P. Euzeby). Le test est effectué en utilisant une combinaison de cibles moléculaires basées sur les séquences et/ou la méthode PCR.

La croissance sur milieu solide ou sous forme liquide

• Pour la croissance sur milieu solide, on préfère les colonies isolées sur milieu en boîte de Pétri.

• Pour les cultures sous forme liquide, un volume minimum de 4 mL de culture en croissance active est souhaitable.

• La croissance du complexe Mycobacterium tuberculosis et les espèces de Mycobacterium à croissance lente doit être visible et ne doit pas dépasser l'âge de 4 semaines.

• La croissance des espèces de Mycobacterium à croissance rapide doit être visible et ne doit pas dépasser l'âge de 10 jours.

• Les cultures ayant une croissance inadéquate, ou qui faisant l'objet d'une contamination, ne seront pas traitées et une nouvelle culture sera demandée.

Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.

S/O

Expédier toutes les cultures à température ambiante (NE PAS congeler) pour livraison le lendemain, et avant le mercredi de chaque semaine pour s'assurer qu'elles soient livrées au plus tard le vendredi.

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Néant

Les réquisitions doivent être transmises par télécopieur ((204) 789-2036) à l'attention de Joyce Wolfe, Gestionnaire du programme, CNRM/LNM, avant de procéder à l'expédition des isolats au CNRM. La réquisition du CNRM doit être complétée, signée par le superviseur/ou la personne désignée du laboratoire expéditeur et inclure l'origine du spécimen, le sexe et la date de naissance du patient, l'histoire clinique et l'informations sur l'identifiant du laboratoire et la personne-ressource (requérant). Il est aussi nécessaire d'inclure des caractéristiques connues des isolats: la microscopie, la pigmentation, les caractéristiques des cultures, la vitesse et température de croissance, et l'identification. Les demandes d'analyse urgente doit être accompagnée d'une justification.

Les cultures seront rejetées si les documents nécessaires sont incomplets ou manquants.

L'identification de l'espèce sera réalisée par une analyse de la séquence du gène codant l'ARNr 16S, le gène gyrB et/ou le gène hsp65, au besoin. L'identification se fera par une comparaison des données de séquençage aux séquences contenues dans une base de données dont la qualité est contrôlée à l'interne.

Demandes urgentes : 4 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon. Tests courants avec mise en culture : 10 jours civils à partir de la date de réception de l'échantillon.

1. Turenne CY, Tschetter L, Wolfe J, Kabani A. (2001) Necessity of quality-controlled 16S rRNA gene sequence databases: identifying nontuberculous Mycobacterium species. J Clin Microbiol. 39:3637-48.

2. Brunello F, Ligozzi M, Cristelli E, Bonora S, Tortoli E, and Fontana R. (2001) Identification of 54 mycobacterial species by PCR-restriction fragment length polymorphism analysis of the hsp65 gene. J. Clin. Microbiol. 39:2799-2806.