Génotypage

Génotypage des échantillons dans lesquels le virus de la rougeole a été détecté par RT-PCR.

 

Urine, écouvillonnage nasopharyngé, écouvillonnage de gorge. Tous les échantillons doivent être prélevés le plus tôt possible après le début de l’éruption cutanée (dans les 7 jours pour l’urine et dans les 4 jours pour les écouvillons nasopharyngés ou de gorge). Des isolats viraux peuvent aussi être expédiés. Il faut déjà avoir déterminé par RT-PCR que les échantillons renferment le virus de la rougeole.

 

Expédiez au moins 0,5 mL d’un échantillon clinique ou d’un isolat viral congelé (-70 °C) sur de la glace sèche.

 

Veuillez vous reporter à la fiche d’information concernant la détection moléculaire du virus de la rougeole (la présence du virus de la rougeole dans les échantillons devrait déjà avoir été confirmée par RT-PCR).

 

Expédiez au moins 0,5 mL d’un échantillon clinique ou d’un isolat viral congelé (-70 °C) sur de la glace sèche.

 

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Cas confirmé de rougeole (par RT-PCR).

Requête d’analyse pour la rougeole, les oreillons et la rubéole complétée. Indiquer la date de l’apparition de l’éruption cutanée, la date de la dernière vaccination contre la rougeole (si récent), les antécédents de voyage, numéro de cas et/ou l’identifiant MARS (dans l’application de surveillance de la rougeole et de la rubéole [MARS] du RCRSP), si connu. Veuillez préciser si le spécimen provient d’un cas soupçonné de vaccin.

 

Les laboratoires qui effectuent leurs propres analyses RT-PCR rougeole devraient soumettre les échantillons positifs pour fins de surveillance du génotypage et la déclaration à l’Organisation mondiale de la Santé. Il est important de fournir les antécédents complets du patient (y compris les voyages) pour une surveillance génotypique adéquate. Le LNM est un laboratoire de référence régional agréé de l’OMS/OPS pour la rougeole et la rubéole.

 

Le génotypage du virus de la rougeole a été normalisé par l’OMS (5,6). Le gène entier de l’hémagglutinine (H), et/ou une partie du gène de la nucléoprotéine (N) (le gène N-450), est amplifié par RT-PCR classique, puis séquencé en vue de la détermination du génotype du virus.

 

21 jours civils. Des analyses STAT seront effectuées sur demande.

Remarque : Durant les éclosions de rougeole, la communication des résultats du génotypage peut être retardée. Il est possible qu’on doive trier les échantillons et traiter en priorité les cas attribuables à un virus nouvellement importé, ou potentiellement dus à un vaccin, au détriment des cas liés à l’éclosion d’un génotype déjà connu. Veuillez communiquer avec le laboratoire pour toute demande d’information urgente.

1. Measles and Rubella Elimination Working Group, Health Canada, Public Health Agency of Canada. Guidelines for the prevention and control of measles outbreaks in Canada. CCDR. 2013; 39:ACS-3. Available at http://www.phac-aspc.gc.ca/publicat/ccdr-rmtc/13vol39/acs-dcc-3/index-eng.php#appa.
2. Tipples GA, M Gray, M Garbutt, PA rota, Canadian Measles Surveillance Program. Genotyping of measles virus in Canada: 1979-2002. J Infect Dis 2004; 189 Suppl 1:S171-176.
3. Tipples G, J Hiebert. Detection of measles, mumps and rubella viruses. Methods Mol Biol. 2011; 665: 183-193.
4. World Health Organization. Manual for the laboratory diagnosis of measles and rubella virus infection. 2007. WHO/IVB/07.01
5. World Health Organization. Measles virus nomenclature update: 2012. WER. 2012;87:73.80.