Génotypage par RT-PCR

Génotypage du virus de l'influenza A (sous-type H1 et H3), du virus de l'influenza B, et du virus Influenza A aviaire (sous-type H1 à H16) par RT-PCR en temps réel et/ou RT-PCR et le séquençage.

Échantillons respiratoires (écouvillonnage rhinopharyngé, écouvillonnage de gorge, etc.), ou isolats viraux. Volume minimum require : 1 à 2 mL.

Conserver les prélèvements au réfrigérateur jusqu'à leur envoi au laboratoire. Les expédier sur de la glace sèche.

Pour obtenir des prélèvements respiratoires, utiliser des écouvillons stériles et écouvillonner la cavité nasale, la gorge, etc. Placer les écouvillons dans 2 à 3 ml de milieu de transport viral.

Conserver les prélèvements au réfrigérateur jusqu'à leur envoi au laboratoire. Les expédier sur de la glace sèche.

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Infection du virus de l'influenza présumée ou confirmée.

Remplir le formulaire [Demande Relative au Programme de l'oms pour la Lutte la Grippe (Sous-Typage Antigénique), version actuelle]. Inscrire le nom, l'adresse et le numéro de téléphone du laboratoire expéditeur, sans quoi les échantillons ne seront pas traités. Inscrire également l'identifiant (numéro du laboratoire expéditeur), la date de naissance et le sexe du patient, le type d'échantillon et la date du prélèvement. Dans la section réservée aux renseignements complémentaires, inscrire (si possible / s'il y a lieu) le nombre de repiquages effectués, les antécédents de voyage du patient, l'ampleur de l'activité grippale et la date du prélèvement par rapport à la prise d'antiviraux.

Une autorisation doit être obtenue pour le génotypage par PCR et par séquençage du virus de l'influenza A (sous-type H1 et H3), du virus de l'influenza B, et du virus Influenza A aviaire (sous-type H1 à H16). Communiquer avec le laboratoire (section des virus respiratoires et grippaux) avant d'expédier les échantillons.

Les acides nucléiques extraits sont soumis à une transcription inverse suivie de réaction en chaîne de la polymérase (RT PCR) avec détection en temps réel ou confirmation visuelle (électrophorèse en gel) des produits de la PCR. Les produits de la PCR conventionnelle peuvent être séquencés et comparés avec des séquences de référence afin de déterminer le génotype.

14 jours civils.

1. Real-Time RT-PCR (rRT-PCR) Protocol for Influenza. CDC. Revised, 2007.
2. Fouchier R. et al. Detection of Influenza A Viruses from Different Species by PCR Amplification of Conserved Sequences in the Matrix Gene. J. Clin. Microbiol. (2000) 38: 4096-4101