Génotypage by PCR and Sequencing

Génotypage d'Adenovirus spp. par PCR et par séquençage.

Spécimens respiratoires (Écouvillon nasopharyngé, Écouvillon de gorge, autre), ou isolat viral (1,0-2,0 mL).

Conserver les prélèvements au réfrigérateur jusqu'à leur envoi au laboratoire. Les expédier sur de la glace sèche.

Pour obtenir des prélèvements respiratoires, utiliser des écouvillons stériles et écouvillonner la cavité nasale, la gorge, etc. Placer les écouvillons dans 2 à 3 ml de milieu de transport viral.

Conserver les prélèvements au réfrigérateur jusqu'à leur envoi au laboratoire. Les expédier sur de la glace sèche.

L'expédition des prélèvements doit être confiée à une personne détenant un certificat de formation TMD, conformément au Règlement sur le TMD. Pour plus d'information sur la catégorisation des matières à des fins d'expédition, veuillez consulter la partie 2 de l'appendice 3 du règlement ou la section 3.6.2 du règlement de l'IATA sur les produits dangereux.

Infection à adénovirus présumée ou confirmée.

Remplir le formulaire (Demande de génotypage pour les adénovirus, version actuelle). Inscrire le nom, l'adresse et le numéro de téléphone du laboratoire expéditeur, sans quoi les échantillons ne seront pas traités. Inscrire également l'identifiant (numéro du laboratoire expéditeur), la date de naissance et le sexe du patient, le type d'échantillon et la date du prélèvement. Dans la section réservée aux renseignements complémentaires, inscrire (si possible / s'il y a lieu) les antécédents de voyage du patient et la date du prélèvement par rapport à la prise d'antiviraux.

Une autorisation doit être obtenue pour le génotypage par PCR et par séquençage d'Adenovirus spp. Communiquer avec le laboratoire (section des virus respiratoires et grippaux) avant d'expédier les échantillons.

Les acides nucléiques sont extraits des échantillons/isolats soumis. On réalise une réaction en chaîne de la polymérase (PCR) sur les acides nucléiques extraits au moyen d'amorces spécifiques de l'adénovirus. Si la première PCR échoue, on effectue une PCR par amorces incluses au moyen d'autres amorces spécifiques de l'adénovirus. Les produits obtenus par PCR sont séquencés et comparés avec des séquences de référence afin de déterminer le génotype.

14 jours civils.

1. X Lu, DD Erdman. Molecular typing of human adenoviruses by PCR and sequencing of a partial region of the hexon gene. Arch Virol (2006) 151: 1587-1602.